După eliberare, în anul 1986, părintele Flavian se stabileşte, cu binecuvântarea ÎPS Mitropolit Silvestru Onofrei (†1992), la Mănăstirea Slătioara, centrul duhovnicesc şi sediul mitropolitan al Bisericii Ortodoxe de Stil Vechi din România.
Care trecea atunci printr-o perioadă de relativă pace şi linişte din partea autorităţilor (în sensul că, deşi ameninţările la adresa obştii continuau să sosească, totuşi monahii nu mai erau alungaţi, aşa cum se întamplase în anii anteriori).
După evenimentele din 1989, părintele Flavian şi ierodiaconul Teoctist Murgu se întorc în Bucureşti, împreună cu obştea risipită, dar şi cu alţi fraţi începători, ce doriseră să se alăture lor, redobândind terenul pe care cândva fusese mânăstirea (demolată de trei ori) şi unde, cu blagoslovenia pururea-pomenitului ÎPS Mitropolit Silvestru, pun piatra de temelie a actualei Mănăstiri din Bucureşti, cu hramul Adormirea Maicii Domnului, la data de 2 septembrie 1991.
Cu ajutorul lui Dumnezeu, şi a Preacuratei Maicii Sale, după cum se poate citi şi în istoricul Mănăstirii, încet-încet aşezământul s-a reclădit, iar viaţa monahală a intrat pe un făgaş firesc şi a înflorit.
În anul 2004, Duminica, în ziua prăznuirii Sfântului Apostol şi Evanghelist Luca (18 octombrie stil vechi), cu alegerea şi cercarea Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe de Stil Vechi (care, cu o zi în urmă, se îmbogăţise cu încă un arhiereu, în persoana noului episcop, Prea Sfinţitul Iosif Botoşăneanul), avându-l în frunte pe fostul mitropolit Vlasie, în prezenţa oaspeţilor de peste hotare: Prea Sfinţitul Fotie de Triadiţa (Biserica Ortodoxă de Stil Vechi din Bulgaria), Prea Sfinţitul Ambrozie (din partea Sinodului Bisericii Ortodoxe de Stil Vechi a Greciei), a unei mulţimi de credincioşi, adunaţi din toate colţurile ţării, părintele Arhimandrit Flavian Bârgăoanu a fost ridicat hirotonit episcop-vicar al Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe de Stil Vechi din România, primind titlul de „Ilfoveanul”.
În cuvântul ţinut după încheierea Sfintei Liturghii, noul episcop a mulţumit părinţilor săi duhovniceşti – Prea Sfinţiţilor Episcopi, pentru că au avut încrederea de a-i acorda această vrednicie, cerându-le rugăciunile și povăţuirea părintească pe mai departe, subliniind şi faptul că este foarte conştient de greutatea slujirii ce îi revine. După acest moment, la Mănăstirea „Adormirea Maicii Domnului” s-au continuat activităţile de construire, finisare și extindere a construcţiilor aşezământului.